Fakultetets ledelse udgøres af dekanen, som varetager fakultetets daglige ledelse, samt institut- og centerlederne ved fakultet.
Der er endvidere blandt institutternes og centrenes videnskabelige medarbejdere og studerende valgt repræsentanter til Akademisk Råd. Det teknisk-administrative personale har udpeget et antal observatører, som deltager i rådets møder. Rådet varetager en række besluttende og rådgivende opgaver og har som hovedformål at sikre fakultetets akademiske frihed. Rådet afløste den 1. juli 2004 det tidligere fakultetsråd.
Ved hvert institut er ansat en institutleder og udpeget en studieleder. Institutlederen har det overordnede ansvar for instituttets forskning og undervisning og varetager instituttets daglige ledelse. Hver institutleder har udpeget en eller flere viceinstitutledere, der skal bistå institutlederen i den daglige ledelse. Nogle institutter er desuden organiseret i afdelinger, og der er derfor udpeget et antal afdelingsledere. Hvert institut nedsætter et råd, som skal rådgive institutlederen ved fastlæggelse af generelle retningslinjer for instituttets virksomhed og udvikling og i andre sager af væsentlig betydning for instituttet.
Siden 1. august 2006 har Handels- og Ingeniørhøjskolen med adresse i Herning været et center under Det Samfundsvidenskabelige Fakultet. Med innovation som kernekompetence arbejder AU-HIH med uddannelse, erhvervsfremme og anvendt forskning. Der er ansat en direktør til at lede AU-HIH. Direktøren har udpeget en direktion, og der er nedsat en rådgivende bestyrelse.
De øvrige centre ved fakultetet ledes af en centerleder og en centerbestyrelse udpeget af dekanen.
Der er for hver uddannelse nedsat et studienævn bestående af lige mange valgte repræsentanter for lærere og studerende. Studienævnet har til opgave at sikre tilrettelæggelse, gennemførelse og udvikling af uddannelse og undervisning, herunder kvalitetssikring og kvalitetsudvikling af uddannelse og undervisning, udarbejdelse af forslag til studieordning og studieordningsændringer, godkendelse af undervisningsplaner samt afgørelse af sager om merit og og dispensationer.